Το Π.Μ.Σ. αποτελείται από πέντε κατευθύνσεις, οι οποίες βρίσκονται σε περιοχές προτεραιότητας για την ελληνική γεωργία. Συγκεκριμένα οι κατευθύνσεις που μπορεί να ακολουθήσει ο υποψήφιος μεταπτυχιακός φοιτητής, είναι:

I.      «Γενετική Βελτίωση και Βιοτεχνολογία φυτών με έμφαση στην παραγωγή Πολλαπλασιαστικού υλικού και την Ποιότητα Τροφίμων».

II.    «Φυτική Παραγωγή και Περιβάλλον».

III.  «Φυτιατρική και Περιβάλλον».

IV.  «Γεωργική Μηχανική – Διαχείριση Φυσικών Πόρων».

V.   «Διαχείριση Περιβάλλοντος».