Σήμερα η Σχολή Γεωπονικών Επιστημών στεγάζεται σε κτίριο στη Ν. Ιωνία Μαγνησίας, συνολικής επιφάνειας 15.000 τ.μ. Στο χώρο αυτό υπάρχουν και λειτουργούν τα ακόλουθα Εργαστήρια του Τμήματος Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος:

1. Εργαστήριο Γενετικής Βελτίωσης Φυτών
2. Εργαστήριο Γεωργίας και Εφαρμοσμένης Φυσιολογίας Φυτών
3. Εργαστήριο Ζιζανιολογίας
4. Εργαστήριο Εντομολογίας και Γεωργικής Ζωολογίας
5. Εργαστήριο Γεωργικής Υδραυλικής
6. Εργαστήριο Φυτοπαθολογίας
7. Εργαστήριο Εδαφολογίας
8. Εργαστήριο Ορυκτολογίας, Πετρολογίας, Γεωχημείας
9. Εργαστήριο Γεωργικών Κατασκευών και Ελέγχου Περιβάλλοντος
10. Εργαστήριο Βιομετρίας
11. Εργαστήριο Γεωργικής Μηχανολογίας
12. Εργαστήριο Δενδροκομίας
13. Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας Φυτών
14. Εργαστήριο Αναλυτικής Χημείας και Γεωργικής Φαρμακολογίας
15. Εργαστήριο Διαχείρισης Οικοσυστημάτων και Βιοποικιλότητας
16. Εργαστήριο Κηπευτικών Καλλιεργειών
17. Εργαστήριο Τεχνολογίας και Ελέγχου Ποιότητας και Ασφάλειας Τροφίμων
Τα Εργαστήρια αυτά με τον εξοπλισμό τους καθώς και η βιβλιοθήκη του Ιδρύματος υποστηρίζουν το Π.Μ.Σ.

Επιπλέον, το Πανεπιστημιακό Αγρόκτημα στο Βελεστίνο, έκτασης 200 περίπου στρεμμάτων, διαθέτει δενδροκομείο ποικιλίας δένδρων, θερμοκήπια, απαραίτητο εξοπλισμό και εργαστηριακούς χώρους που  χρησιμοποιούνται για την εκτέλεση εργαστηριακών ασκήσεων και των μεταπτυχιακών εργασιών.